更多文件介绍
1 pdb文件
pdb文件，常用的是蛋白质，可从Protein Data Bank获得。
注意：
文件的位置对应特定的信息，pdb文件修改对应好
ATOM 1 H1 LYS 1 14.260 6.590 34.480 1.00 0.00
ATOM 2 H2 LYS 1 13.760 5.000 34.340 1.00 0.00
ATOM 3 N LYS 1 14.090 5.850 33.800 1.00 0.00
ATOM 4 H3 LYS 1 14.920 5.560 33.270 1.00 0.00
...
...
以第一行为例
1 ATOM不重要不做解释。
2 数字1表示原子序号，给文件中的原子排序，不能重复。
3 H1代表了原子名称，同意分子中保证独一无二，不能重复。
4 LYS代表了残基类型，用来划分原子的，将原子划分成固定的原子组合，这一组的原子在力场中受到的力，在gromacs的力场文件定义了残基类型。
5 1 代表group, 同一分子的group是同一个。
6 14.260 6.590 34.480 代表了原子坐标，描述了一个分子的空间结构，以及盒子中粒子的位置。
7 1.00 0.00 代表着初速度，不重要，可以省略。
2 gro文件
gro文件包含信息与pdb文件类似，可用通过gmx editconf -f **.pdb -o **.gro 相互转化，gro文件，用于分子动力学模拟，需要将pdb文件转化成gro文件使用。
MD of 2 waters, t= 0.0
6
1WATER OW11 0.126 1.624 1.679 0.1227 -0.0580 0.0434
1WATER HW22 0.190 1.661 1.747 0.8085 0.3191 -0.7791
1WATER HW33 0.177 1.568 1.613 -0.9045 -2.6469 1.3180
2WATER OW14 1.275 0.053 0.622 0.2519 0.3140 -0.1734
2WATER HW25 1.337 0.002 0.680 -1.0641 -1.1349 0.0257
2WATER HW36 1.326 0.120 0.568 1.9427 -0.8216 -0.0244
1.82060 1.82060 1.82060
1 第一行不重要
2 第二行表示原子数目
3 从左往右一代表
-
残基数（5位，整数）
-
残基名称（5个字符）
-
原子名称（5个字符）
-
原子数（5个位置，整数）
-
位置（以nm为单位，在3列中为xyz，每8个位置，小数点后3位）
-
速度（以nm / ps（或km / s）为单位，在3列中xyz，每8个位置，小数点后4位）
4 最后一行代表盒子大小
a,b.c
3 top文件#
top文件描述的是力场，gromacs必须的文件是gro和top文件，比较复杂，只描述几个比较重要的信息
;
; Example topology file
;
[ defaults ]
; nbfunccomb-rule gen-pairs fudgeLJ fudgeQQ
1 1 no 1.0 1.0
; The force field files to be included
#include "rt41c5.itp"
[ moleculetype ]
; name nrexcl
Urea 3
[ atoms ]
; nrtype resnr residuatomcgnr charge
1 C 1UREA C1 1 0.683
2 O 1UREA O2 1 -0.683
3 NT 1UREA N3 2 -0.622
4 H 1UREA H4 2 0.346
5 H 1UREA H5 2 0.276
6 NT 1UREA N6 3 -0.622
7 H 1UREA H7 3 0.346
8 H 1UREA H8 3 0.276
[ bonds ]
; aiaj funct c0 c1
3 4 1 1.000000e-01 3.744680e+05
3 5 1 1.000000e-01 3.744680e+05
6 7 1 1.000000e-01 3.744680e+05
6 8 1 1.000000e-01 3.744680e+05
1 2 1 1.230000e-01 5.020800e+05
1 3 1 1.330000e-01 3.765600e+05
1 6 1 1.330000e-01 3.765600e+05
[ pairs ]
; aiaj funct c0 c1
2 4 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 5 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00
3 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00
3 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00
4 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00
5 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00
[ angles ]
; aiajak funct c0 c1
1 3 4 1 1.200000e+02 2.928800e+02
1 3 5 1 1.200000e+02 2.928800e+02
4 3 5 1 1.200000e+02 3.347200e+02
1 6 7 1 1.200000e+02 2.928800e+02
1 6 8 1 1.200000e+02 2.928800e+02
7 6 8 1 1.200000e+02 3.347200e+02
2 1 3 1 1.215000e+02 5.020800e+02
2 1 6 1 1.215000e+02 5.020800e+02
3 1 6 1 1.170000e+02 5.020800e+02
[ dihedrals ]
; aiajakal funct c0 c1 c2
2 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
6 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
6 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
3 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
3 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
[ dihedrals ]
; aiajakal funct c0 c1
3 4 5 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02
6 7 8 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02
1 3 6 2 2 0.000000e+00 1.673600e+02
; Include SPC water topology
#include "spc.itp"
[ system ]
Urea in Water
[ molecules ]
Urea 1
SOL 1000
1 [ system ] 定义系统，不重要
2 [ molecules ] ，描述的是系统中的分子数，注意要与gro文件中的顺序对应
3 include “rt41c5.itp”以及[ atoms ]到[ dihedrals ]的内容是描述的一个分子的力场，可以写在itp文件以及top文件中，写在itp文件中的只需要include一下。 其中部分的itp文件在gromacs安装目录的top文件中的力场文件里面。include 路径包含groamcs安装目录top/力场/以及当前目录。
4 itp文件#
[ moleculetype ]
; name nrexcl
Urea 3
[ atoms ]
; nrtype resnr residuatomcgnr charge
1 C 1UREA C1 1 0.683
2 O 1UREA O2 1 -0.683
3 NT 1UREA N3 2 -0.622
4 H 1UREA H4 2 0.346
5 H 1UREA H5 2 0.276
6 NT 1UREA N6 3 -0.622
7 H 1UREA H7 3 0.346
8 H 1UREA H8 3 0.276
[ bonds ]
; aiaj funct c0 c1
3 4 1 1.000000e-01 3.744680e+05
3 5 1 1.000000e-01 3.744680e+05
6 7 1 1.000000e-01 3.744680e+05
6 8 1 1.000000e-01 3.744680e+05
1 2 1 1.230000e-01 5.020800e+05
1 3 1 1.330000e-01 3.765600e+05
1 6 1 1.330000e-01 3.765600e+05
[ pairs ]
; aiaj funct c0 c1
2 4 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 5 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00
2 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00
3 7 1 0.000000e+00 0.000000e+00
3 8 1 0.000000e+00 0.000000e+00
4 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00
5 6 1 0.000000e+00 0.000000e+00
[ angles ]
; aiajak funct c0 c1
1 3 4 1 1.200000e+02 2.928800e+02
1 3 5 1 1.200000e+02 2.928800e+02
4 3 5 1 1.200000e+02 3.347200e+02
1 6 7 1 1.200000e+02 2.928800e+02
1 6 8 1 1.200000e+02 2.928800e+02
7 6 8 1 1.200000e+02 3.347200e+02
2 1 3 1 1.215000e+02 5.020800e+02
2 1 6 1 1.215000e+02 5.020800e+02
3 1 6 1 1.170000e+02 5.020800e+02
[ dihedrals ]
; aiajakal funct c0 c1 c2
2 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
6 1 3 4 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
6 1 3 5 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
3 1 6 7 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
2 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
3 1 6 8 1 1.800000e+02 3.347200e+01 2.000000e+00
[ dihedrals ]
; aiajakal funct c0 c1
3 4 5 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02
6 7 8 1 2 0.000000e+00 1.673600e+02
1 3 6 2 2 0.000000e+00 1.673600e+02
包含了原子，键角，二面角，等信息，将top中的部分信息提取。
5 rtp文件
rtp文件定义残基的文件，定义后可以使用gmx pdb2gmx命令获得top文件
[ bondedtypes ] ; mandatory
; bonds angles dihedrals impropers
1 1 1 2 ; mandatory
[ GLY ] ; mandatory
[ atoms ] ; mandatory
; name type charge chargegroup
N N -0.280 0
H H 0.280 0
CA CH2 0.000 1
C C 0.380 2
O O -0.380 2
[ bonds ] ; optional
;atom1 atom2 b0 kb
N H
NCA
CA C
C O
-C N
[ exclusions ] ; optional
;atom1 atom2
[ angles ] ; optional
;atom1 atom2 atom3th0cth
[ dihedrals ] ; optional
;atom1 atom2 atom3 atom4 phi0 cp mult
[ impropers ] ; optional
;atom1 atom2 atom3 atom4 q0 cq
N-CCA H
-C -CA N-O
[ ZN ]
[ atoms ]
ZNZN 2.000 0
1 [ bondedtypes ]定义了计算键，键角，的方式
6 mdp文件
gromacs模拟所需参数，网上搜索就行，相差不大
