1 获得分子pdb文件
（1）蛋白质可以从Protein Data Bank获得
（2）通过gaussview，MS建模获得
2 packmol构建盒子
(1)
packmol < mix.inp
获得，输出pdb文件
（2）
gmx editconf -f .pdb -o .gro
获得gro文件，vim **.gro文件，输入i,进入输入模式，修改最后一行，盒子大小，packmol坐标单位是A, gro文件是nm,注意单位换算。
3 获得分子的top文件
4 能量最小化
md模拟所需文件，gro,top,itp,mdp文件，mdp文件拥有groamcs模拟的参数
将所需文件放到同一目录下，将获得**.gro文件名子修改为youji.gro，
（1）
gmx grompp -f em.mdp -c youji.gro -p topol.top -o em.tpr -maxwarn 811
maxwarn 811忽视警告，注意。
-f em.mdp输入参数文件
-c youji.gro 输入坐标文件
-p topol.top 输入top文件
-o em.tpr输出二进制·1文件不可查看，是下一步的输入文件
（2）
gmx mdrun -v -deffnm em
-deffnm指定默认的文件名称, -v显示模拟过程中的信息.你必须使用mdrun的-s选项明确指定它的名称. 就我们而言, 我们将得到以下文件:
em.log: ASCII文本的日志文件, 记录了能量最小化过程
em.edr: 二进制能量文件
em.trr: 全精度的二进制轨迹文件
em.gro: 能量最小化后的结构
（3）
gmx energy -f em.edr -o potential.xvg
10
0 分析能量最小化文件xvg,使用qtgrace或grace查看
5 nvt模拟
（1）生成tpr
gmx grompp -f nvt.mdp -c em.gro -p topol.top -o nvt.tpr -maxwarn 811
(2)nvt体系模拟
gmx mdrun -v -deffnm nvt
除注释外, 所用参数的完整解释可以在GROMACS手册中找到. 注意.mdp文件中下面的这几个参数:
gen_vel = yes: 产生初始速度. 使用不同的随机数种子(gen_seed)会得到不同的初始速度, 因此从一个相同的初始结构开始可进行多个(不同的)模拟.
tcoupl = V-rescale: 速度重缩放控温器改进了Berendsen弱耦合方法, 后者不能给出正确动能系综.
pcoupl = no: 不使用压力耦合
（3）分析
gmx energy -f nvt.edr
15
0
6 npt模拟
(1)
gmx grompp -f npt.mdp -c nvt.gro -p topol.top -o npt.tpr -maxwarn 811
(2)
gmx mdrun -v -deffnm npt
(3)
gmx energy -f npt.edr -o pressure.xvg
16
0
(4)
gmx energy -f npt.edr -o density.xvg
22
0
7 np2模拟
gmx grompp -f npt2.mdp -c npt.gro -p topol.top -o npt2.tpr -maxwarn 811
gmx mdrun -v -deffnm npt2
8 md模拟
gmx grompp -f md.mdp -c npt2.gro -t npt.cpt -p topol.top -o md.tpr -maxwarn 811
gmx mdrun -deffnm md
