1 packmol 安装

只讲命令安装packmol

manjaro 安装

yay packmol

其他Linux系统

sudo apt-get install packmol

其它命令自行寻找，linux系统需要配置其它软件库,才可以使用命令安装。

2 packmol使用

将所需的文件放到同一目录下，其中包含使用高斯软件构建分子的pdb文件和mix.inp（packmol的输入文件），在当前目录打开终端命令窗口，输入

packmol < mix.inp

回车

mix.inp文件

tolerance 2.0
output youji.pdb                                         #输出文件名 

structure yafeng.pdb                                    #输入文件名 
  number 50                                        # 添加数目                                        
  inside box 0. 0. 90. 50. 50. 130.                # 定义添加坐标范围
end structure                                      #结束

structure yiwuchun.pdb 
  number 300
 inside box 0. 0. 90. 50. 50. 130.
end structure

structure water.pdb
  number 3000
  inside box 0. 0. 30. 50. 50. 90.
end structure

structure pdcl.pdb
  number 25
  inside box 0. 0. 30. 50. 50. 90.
end structure

本文只是介绍了简单的使用，在方形盒子内的动力学模拟.

详细使用可参考

1 packmol使用 2 packmol官网

gromacs建模

构建盒子，gro文件

1 packmol 安装

2 packmol使用

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