1 环境配置
（1）构建分子模型，导出pdb，mol（生成top的工具，输入文件为pdb或mol文件）文件，使用Gaussian或者MS以及其他的一些软件。gaussian 409w MS oufc
（2）搭建盒子软件，packmol,我用的是archlinux，使用yay命令安装。win系统搜官网，下载安装。
（3）运行软件，gromacs.
（4）分析软件vmd,win10官网，linux使用命令安装即可。
（5）分析软件grace和qtgrace,打开xvg图，输出结果的分析，推荐qtgrace，提取码kkkw。
2 各类文件了解
(1) 在不修改力场的情况下，需要使用，pdb（高斯等软件构建），gro(pdb文件通过命令转化)，top文件（蛋白质类型，直接命令生成，参考教程。分子通过工具生成top生成工具 ），itp文件（属于top的子文件，建议将top中的分子的信息，提取到itp文件中，include到top文件）
（2）需要添加新的力场参数，使用的文件。
- gromacs安装目录中的top文件夹中的残疾类型（.dat文件）文件，自己定义残基名，以及类型 。
- 打开使用的力场的目录，查阅相关文章，查找参数。
- 打开原子类型文件，添加自定义的原子，命名前部分为元素符号，添加自定后缀，必须与前面的不一致（注意： 相关文章使用了存在原子类型，不需要定义）。
- 打开非键相互作用文件，添加自定义原子，电荷，sigma,epsla值，是范德华力的信息.
- 打开键相互作用文件，添加键长，键的力大小。找到键角，添加角度，和力大小。二面角（一般添加都是特殊粒子，太小，没有）修改以及其它信息一般不需要修改。
- 定义rtp文件，描述详细的残基信息，不要在原有的rtp文件修改，新建rtp文件即可，gromacs会自动检索rtp文件。
- 信息添加完成后，按照蛋白质教程，gmx pdb2gmx命令即可生成，top文件
3 gromacs学习网站
视频课 6t3z
4 力场选择
根据文献来
5 模拟流程
固定流程
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生成gro文件，和top（以及相关的itp子文件）文件
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能量最小化
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温度耦合
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压力耦合（由压力耦合一次，有两次的，我采用两次，不同的方式耦合）
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md模拟
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生成文件，进行分析
