肖的博客

Thinking will not overcome fear but action will.

gromacs（哔哩哔哩）

相关资料

1 视频中所使用的文献 资料（提取码01lh） 2 有机分子生辰top文件 思家公社 3 charmm力场软件包 链接 4 文件格式网站 链接 5 charmm软件参数转化成gromacs中charmm36的计算规则 贾壮的博客

Posted by xiaodechao on April 17, 2021

gromacs续跑

gromacs中断，模拟时间延长

1 gromacs模拟结束，继续跑 gmx convert-tpr -s md.tpr -extend 2000 -o md1.tpr gmx mdrun -v -deffnm md1 -cpi md.cpt -noappend -s md.tpr 输入生成md.tpr文件 -extend 2000 延长2000ps -o md1.tpr 输出新的tpr文件 -deffnm md1...

Posted by xiaodechao on April 9, 2021

origin2018中文版安装

作图

1 origin2018中文版 软件下载origin2018中文版 提取码 ： 2292 软件安装 1 解压 2 点击安装exe文件，安装 3 点击序列号安装，输入序列号，打开百度云中的txt文件，复制序列号，输入。 4 安装完成 5 将ok95.dall和ok95——64.dall文件复制到安装目录，会出现，是否替换，点击确定，安装完成，正式使用。

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

便携外置manjaro系统安装

安装到移动固态

1 准备 （1）manjro启动盘 在其他的文章中介绍 （2）移动固态硬盘 最好使用固态硬盘，机械盘速度太慢，体验极差，250g足以。 2 安装 （1）wiN10打开设置，恢复页面，点击立即重启，等1到2min，选择usb启动，进入到安装系统中。 （2）alt+ctrl+t 打开终端也页面，输入 sudo pacman-mirrors -i -c chaina -m rank...

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

gromacs分析

径向分布函数，密度分布

1 镜像分布函数 （1）生成索引文件 gmx make_ndx -f md.gro 操作： 数字 & a 原子名 添加分子某一原子添加到索引文件。 按q退出保存。 （2）径向分布函数 gmx rdf -f md.xtc -n index.ndx -cn xxx.xvg -f md.xtc 输入md生成文件 -n index.ndx输入索引文件 -cn 输...

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

gromacs文件介绍

top, gro, pdb, itp等文件

更多文件介绍 1 pdb文件 pdb文件，常用的是蛋白质，可从Protein Data Bank获得。 注意： 文件的位置对应特定的信息，pdb文件修改对应好 ATOM 1 H1 LYS 1 14.260 6.590 34.480 1.00 0.00 ATOM 2 H2 LYS 1 13.760 5.000 34.340 1.00 0.00 ATOM 3 N LYS 1 14....

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

gromacs基本流程

流程2

1 获得分子pdb文件 （1）蛋白质可以从Protein Data Bank获得 （2）通过gaussview，MS建模获得 2 packmol构建盒子 (1) packmol < mix.inp 获得，输出pdb文件 （2） gmx editconf -f .pdb -o .gro 获得gro文件，vim **.gro文件，输入i,进入输入模式，修改最后一行，盒子...

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

gromacs学习

入门初学者

1 环境配置 （1）构建分子模型，导出pdb，mol（生成top的工具，输入文件为pdb或mol文件）文件，使用Gaussian或者MS以及其他的一些软件。gaussian 409w MS oufc （2）搭建盒子软件，packmol,我用的是archlinux，使用yay命令安装。win系统搜官网，下载安装。 （3）运行软件，gromacs. （4）分析软件vmd,win10官网，...

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

gromacs建模

构建盒子，gro文件

1 packmol 安装 只讲命令安装packmol manjaro 安装 yay packmol 其他Linux系统 sudo apt-get install packmol 其它命令自行寻找，linux系统需要配置其它软件库,才可以使用命令安装。 2 packmol使用 将所需的文件放到同一目录下，其中包含使用高斯软件构建分子的pdb文件和mix.inp（packmo...

Posted by xiaodechao on March 29, 2021

manjaro启动盘制作

Linux的

1 下载Manjaro补充文件 2 U盘制作成安装光盘 3 电脑U盘启动，自动安装 详细说明： 1下载Manjaro补充文件，官网下载 2下载拒绝链接： https://pan.baidu.com/s/1KoKnQUBzcTiSbwZpxyZSvw 提取代码：5x20复制并随后内容打开百度网盘手机应用程序，操作更方便哦-来自百度网盘超级会员V1的分享 下载后，选择u盘，选择合并...

Posted by xiaodechao on March 27, 2021

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